Efter SSL § 31, stk. 1 er udgangspunktet for borgerne, at en administrativ afgørelse først kan indbringes for domstolene, når der foreligger en endelig administrativ afgørelse. I denne sammenhæng foreligger der en endelig administrativ afgørelse, når den øverste klageinstans på området har fået spørgsmålet forelagt til prøvelse, og denne klageinstans enten har afgjort spørgsmålet eller har afvist at behandle spørgsmålet, jf.TfS 1997, 307 VLD, TfS 1998, 72 ØLD. Af ►Østre Landsrets dom i TfS 1999, 198 ◄følger dog, at et anmeldt skattekrav i et konkursbo kan prøves, selv om administrativ rekurs ikke har været forsøgt. .. Østre Landsrets kendelse i TfS 1997, 740 fik samme udfald, men kendelsen er mindre vidtgående, dels fordi skatteansættelsen var under klagebehandling i Landsskatteretten på tidspunktet for skifterettens prøvelse, og dels fordi prøvelsen skete i forbindelse med stillingtagen til afsigelse af konkursdekret. I TfS 1998,204 VLD kunne et anmeldt skattekrav i en erstatningssag prøves, selv om administrativ rekurs ikke havde været forsøgt. ►I TfS 1999, 302 VLD hjemviste Vestre Landsret et spørgsmål, der ikke havde været påkendt eller afvist ved LSR, da der ikke var en sådan sammenhæng til det påklagede spørgsmål, at der var grundlag for at fravige § 31, stk. 1. Dommen er indbragt for Højesteret◄.
 
Nye spørgsmål Uanset kravet om forudgående prøvelse af spørgsmålet i det administrative klagesystem kan retten tillade, at borgeren inddrager et nyt spørgsmål under retssagen. Det er en betingelse, at det nye spørgsmål har en klar sammenhæng med det spørgsmål, som har givet grundlag for retssagen. Det er endvidere en betingelse, at det må anses for undskyldeligt, at borgeren ikke har inddraget spørgsmålet tidligere, eller at der er grund til at antage, at en nægtelse vil medføre et uforholdsmæssigt retstab. Det er i alle tilfælde retten, der afgør, om borgeren skal kunne inddrage nye spørgsmål under retssagen.
For at opfylde kravet om sammenhæng mellem grundlaget for retssagen og det nye spørgsmål, der ønskes inddraget under retssagen, er det efter forarbejderne til SSL § 31 en betingelse, at der er en sådan sammenhæng mellem de faktiske omstændigheder, der ligger til grund for det spørgsmål, som retssagen er baseret på, og de faktiske omstændigheder, der ligger til grund for det nye spørgsmål, der ønskes inddraget, at princippet om en forudgående udnyttelse af den administrative rekurs ikke hermed fraviges i en sådan grad, at der foreligger en ny sag.
For så vidt angår spørgsmålet om skat, er det forudsat i forarbejderne, at en borger kan få tilladelse til at inddrage såvel spørgsmål vedrørende samme indkomstår som det, retssagen er anlagt om, som spørgsmål vedrørende andre indkomstår, hvis der i øvrigt er den fornødne sammenhæng mellem det nye spørgsmål og det spørgsmål, retssagen er baseret på.
Bestemmelsen regulerer alene adgangen til at inddrage nye spørgsmål under en retssag. Adgangen til at fremsætte nye påstande eller anbringender under en retssag er reguleret i RPL.
SSL § 31, stk. 1 og § 32 er ikke til hinder for, at skatteministeriet kan få en påstand, der indeholder spørgsmål, som ikke har været behandlet af Landsskatterettten, påkendt af landsretten, jf. TfS 1995, 333 VL og TfS 1996, 448 HRD. Denne adgang gøres der i praksis kun undtagelsesvist brug af, og kun såfremt principielle grunde taler derfor, jf. Skatteministeriets kommentar i TfS 1997, 737. I øvrigt sætter forældelsesreglerne en grænse for, hvad der fra skattemyndighedernes side, kan inddrages i en verserende retssag.
 
Overspringelse Efter SSL § 31, stk. 2 kan en borger altid indbringe en sag for domstolene 6 måneder efter, at sagen er påklaget til den endelige administrative instans på området, selv om den endelige administrative instans ikke har truffet afgørelse i sagen. Den endelige instans kan være LSR, TSS eller en told- og skatteregion.
 
Frist for indbringelse Efter SSL § 31, stk. 3 skal en borger, der ønsker domstolsprøvelse, indbringe sagen for domstolene senest 3 måneder efter, at den endelige administrative instans enten har afgjort klagen eller har afvist at behandle klagen. Fristen regnes fra afgørelsens datering, jf. og TfS 1998, 310 ØLD, ►og fristen udløber ved rettens kontortids ophør, jf. TfS 1999, 364 ØLD◄. Fristen forlænges ikke, selv om den udløber på en helligdag, jf. TfS 1996, 868 HRD, TfS 1997, 5 VLD, TfS 1997, 41 VLD. Fristen forlænges heller ikke, hvis en rettidig klage indsendes til det forkerte sted, og først når frem til retten efter udløbet af fristen, jf. TfS 1998, 591 HRD. ►Se dog TfS 1999, 209 HRD hvor stævning fremsendt til Østre Landsret i en sag, hvor Vestre Landsret var rette værneting fandtes anlagt ved indleveringen af stævning til Østre Landsret◄. Fristen kan fraviges, hvis der inden 3-månedersfristens udløb er indgivet en begrundet anmodning om fristforlængelse til Departementet, jf. skatteministeriets udtalelse i TfS 1994, 645.  
Efter SSL § 32 kan Skatteministeriet indbringe LSR's kendelser for domstolene indenfor en frist på 3 måneder fra kendelsens afsigelse.    
SSL's frister for sagsanlæg påses ikke af domstolene selv. Det betyder, at landsretten behandler sagen, medmindre Skatteministeriet nedlægger påstand om afvisning. Hvis der nedlægges berettiget påstand om afvisning på grund af fristoverskridelse under landsretssagen, vil landsretten afvise sagen, jf. TfS 1998, 634 ØLD. Da der er tale om sagsanlæg i 1. instans ved landsretten, kan landsrettens dom ankes til Højesteret i overensstemmelse med reglerne i RPL.
 
Forhandlingsprincippet For domstolenes behandling af skattesager gælder forhandlingsprincippet. Det betyder, at sagens parter selv skal komme med alle relevante oplysninger, og at retten ikke må gå ud over parternes påstande og anbringender ved afgørelsen, jf. RPL § 338.  
Udgangspunktet ved domstolene er, at der sker efterprøvelse af såvel skattesagens materielle indhold som sagens formalitet. Problemer omkring domstolenes efterprøvelse af værdiskøn skulle være løst ved indførelsen af reglerne om syn og skøn under LSRs behandling af sagen.
Ved domstolene vil der altid kunne ske prøvelse af, hvorvidt uskrevne retsgrundsætninger, eksempelvis den almindelige lighedsgrundsætning, er tilsidesat ved skattemyndighedernes sagsbehandling.
 
VærnetingEfter SSL § 33 anlægges sager om skatte- eller afgiftsspørgsmål ved den landsret, i hvis kreds den skattepligtige har hjemting ved sagens anlæg.