Der skal derfor foretages en sædvanlig indkomstopgørelse for virksomheden. Ved opgørelsen medregnes alle skattepligtige indtægter og udgifter vedrørende virksomheden, og der fradrages driftsomkostninger og renteudgifter, ligesom fortjeneste og tab i forbindelse med afståelse m.v. også medregnes ved indkomstopgørelsen efter skattelovgivningens almindelige regler herom.
En erhvervsdrivende havde indbetalt ambi for indkomstårene 1988-90, og beløbene blev fratrukket ved indkomstopgørelsen for de pågældende år, hvor han benyttede virksomhedsordningen. I de efterfølgende år havde han alene anvendt virksomhedsordningen for 1994. I 1995 modtog han tilbagebetaling af ambi. Ligningsrådet udtalte, at den erhvervsdrivende havde pligt til at medregne den tilbagebetalte ambi i virksomhedsindkomsten for 1995, hvis han valgte at henføre det tilbagebetalte beløb til dette år, og hvis han i dette år havde benyttet virksomhedsordningen. Denne kunne dog ikke anvendes på den tilbagebetalte ambi, hvis anden indkomst end ambi blev holdt uden for virksomhedsordningen, TfS 1996, 402 (LR).
I forhold til virksomhedsordningen skal der også foretages en sædvanlig indkomstopgørelse for genvundne afskrivninger i forbindelse med afståelse af en virksomhed eller en del af en virksomhed. Ved opgørelsen af den skattepligtige indkomst for en virksomhed under virksomhedsordningen medregnes 90 pct. af de genvundne afskrivninger, .
Om opgørelsen af virksomhedens skattepligtige indkomst bemærkes i øvrigt:
  • Bidrag til arbejdsgiversammenslutninger som nævnt i LL § 13 er ikke fradragsberettigede ved opgørelse af virksomhedens indkomst. Afholdes sådanne udgifter af virksomheden, anses beløbet for overført til den skattepligtige, som kan fradrage beløbet ved opgørelse af den skattepligtige indkomst.
  • Hvis en blandet benyttet bil indgår i virksomheden, skal den behandles som et fuldt erhvervsmæssigt aktiv. Skattemæssige afskrivninger og øvrige driftsudgifter fratrækkes således fuldt ud ved opgørelsen af virksomhedens skattemæssige resultat. Blandet benyttede aktiver, herunder biler, er behandlet nærmere i E.G.2.1.6.
  • Virksomheden refunderer de erhvervsmæssige omkostninger, som den skattepligtige har afholdt for virksomheden. Sådanne refusioner til den skattepligtige fratrækkes ved opgørelsen af virksomhedens indkomst.
  • Værdien af den skattepligtiges benyttelse af virksomhedens aktiver eller ikke-bogført udtag af varer til privat anvendelse, tillægges virksomhedens indkomst og anses for overført til den skattepligtige.
  • Tilskud, som den skattepligtige modtager i egenskab af selvstændigt erhvervsdrivende, skal indgå i virksomheden, uanset om de er skattepligtige eller ej. Tilskud som nævnt i indgår i virksomheden, når de modtages, d.v.s. uafhængig af, hvornår de medregnes ved opgørelsen af virksomhedens skattepligtige indkomst.
  • Etableringsydelse til ledige, jf. kapitel 8 i lov om aktiv arbejdsmarkedspolitik, indgår i virksomhedsindkomsten. Også syge- og barselsdagpenge, iværksætterydelse og uddannelses- og forældreorlovsydelse, der udbetales til selvstændigt erhvervsdrivende, indgår i virksomhedsindkomsten (TfS 1994, 556 (skm), TfS 1995, 201 (skm) og TfS 1996, 606 (LSR)).
  • Syge- og barselsdagpenge og uddannelses- og forældreorlovsydelse, der udbetales til en medarbejdende ægtefælle, indgår også i virksomheden. Overførsel til medarbejdende ægtefælle sker på ægtefællernes anmodning - normalt i forbindelse med indgivelsen af selvangivelsen for det pågældende indkomstår. Det er Skatteministeriets opfattelse, at de pågældende ydelser kun indgår i erhvervsoverskuddet, hvis ægtefællen opfylder kravene til at kunne anses som medarbejdende ægtefælle for det pågældende indkomstår, og der faktisk anmodes om overførsel til medarbejdende ægtefælle for det pågældende år. Hvis kravene ikke er opfyldt, eller hvis det undlades at anvende reglerne om medarbejdende ægtefælle, indgår de pågældende ydelser ikke i erhvervsoverskuddet, men beskattes i stedet hos ægtefællen selv.
  • Hvis indehaveren af en virksomhed under virksomhedsordningen modtager vederlag fra en hvervgiver, som er forpligtet til at indeholde A-skat af beløbet, medregnes den fulde indkomst ved opgørelsen af virksomhedens overskud, og den tilbageholdte A-skat anses for overført til den skattepligtige i hæverækkefølgen efter VSL § 5.
  • En virksomheds udenlandske indkomst skal ligesom virksomhedens indenlandske indkomst medregnes ved opgørelsen af virksomhedens indkomst efter VSL § 6. Hvis den skattepligtige f.eks. kun har én virksomhed, og hvis denne er placeret i udlandet, kan virksomhedsordningen anvendes på denne virksomhed, ligesom ordningen kan anvendes på en virksomhed, der drives her i landet. Hvis den skattepligtige f.eks. driver selvstændig erhvervsvirksomhed både i udlandet og her i landet, skal virksomhedsordningen anvendes på samtlige virksomheder, hvis den skattepligtige vil anvende ordningen, jf. E.G.2.2.3, som behandler VSL § 2, stk. 3, hvorefter samtlige virksomheder i forhold til virksomhedsordningen skal behandles som én virksomhed, hvis den skattepligtige driver flere virksomheder.
  • Udgifter til formueadministration er fradragsberettigede, jf. Skatteministeriets cirkulære nr. 72 af 17. april 1996 om ligningsloven, punkt 8.11.
  • Udgifter til løbende ydelser efter LL § 12 skal som hovedregel fragå ved opgørelsen af skattepligtig indkomst uden for virksomheden. Indtægter i form af løbende ydelser beskattes som hovedregel som personlig indkomst uden for virksomheden. Udgifter til ensidigt påtagne løbende ydelser til foreninger, stiftelser, institutioner mv. og religiøse samfund efter LL § 12, stk. 2-6, skal altid fradrages ved opgørelsen af skattepligtig indkomst uden for virksomheden. I visse tilfælde kan udgifter efter der udredes efter en gensidigt bebyrdende aftale , fradrages i den personlige indkomst efter PSL § 3, stk. 2, nr. 1. Forudsætningen herfor er, dels at den skattepligtige, som afholder ydelsen, er selvstændigt erhvervsdrivende, dels at den afholdte udgift har karakter af en driftsomkostning. Der kan f.eks. være tale om en driftsomkostning, hvis den skattepligtige i forbindelse med overtagelse af en virksomhed påtager sig en underholds- eller aftægtsydelse (evt. i form af fribolig) over for den tidligere ejer. Der kan også være tale om, at købesummen for en virksomhed helt eller delvist fastsættes til en løbende andel af overskuddet eller omsætningen i en vis årrække. Hvis den selvstændigt erhvervsdrivende anvender virksomhedsordningen, skal udgifterne til sådanne løbende ydelser fragå ved opgørelsen af virksomhedens indkomst. Tilsvarende skal sådanne indtægter indgå i virksomheden. .