Ved delvis, skattefri virksomhedsomdannelse forstås en omdannelse, hvor ikke alle aktiver eller passiver i virksomhedsordningen overføres til selskabet.
 
.
 
Vederlaget for den omdannede virksomhedVed delvis skattefri virksomhedsomdannelse, indgår vederlaget for den afståede virksomhed i virksomhedsordningen på samme måde som ved delvis afståelse, jf. VSL § 15, stk. 3, som er omtalt i E.G.2.15.1.4. Aktier kan ikke indgå i virksomhedsordningen, jf. VSL § 1, stk. 2, som er omtalt i E.G.2.1.5. Efter VSL § 16 a, stk. 1, anses de aktier, der erhverves ved en delvis skattefri omdannelse, derfor for overført fra virksomhedsordningen til privatøkonomien ved begyndelsen af omdannelsesåret.
Overførslen af aktierne sker efter VSL § 16 a, stk. 2, ved, at der med virkning fra begyndelsen af omdannelsesåret overføres et beløb fra indskudskontoen til mellemregningskontoen svarende til kontantværdien af det vederlag for virksomheden, der er nævnt i VOL § 2, stk. 1, nr. 3, uden at der først skal hæves beløb i hæverækkefølgen efter VSL § 5, stk. 1. Aktierne anses samtidig for overført fra mellemregningskontoen til privatøkonomien.
.
.
 
Nedsættelse af anskaffelsessummen for aktierne/anparterne eller beskatning af en del af det opsparede overskudEfter VSL § 16 a, stk. 3, kan aktiernes anskaffelsessum nedsættes med en forholdsmæssig del af indeståendet på konto for opsparet overskud ved udløbet af indkomståret forud for omdannelsesåret.
.
I stedet for at benytte sig af muligheden for at få nedsat aktiernes anskaffelsessum kan den skattepligtige vælge at medregne den forholdsmæssige del af indeståendet på konto for opsparet overskud med tillæg af den hertil svarende virksomhedsskat til den personlige indkomst i omdannelsesåret efter reglerne i VSL § 10, stk. 3, jf. E.G.2.12.5. Dette følger af VSL § 16 a, stk. 3, sidste pkt.
 
TfS 1997, 743 (LSR) vedrører en virksomhedsejer, som pr. 1. januar 1993 foretog en skattefri virksomhedsomdannelse, hvor ikke alle aktiver og passiver blev overført til selskabet, idet den ejendom, hvorfra virksomheden blev drevet, forblev i personligt regi. Den skattepligtige havde anvendt virksomhedsordningen i 1992, men anvendte ikke virksomhedsordningen på ejendommen i 1993. Det kontante vederlag for virksomheden udgjorde ca. 2 mill. kr., kapitalafkastgrundlaget ultimo 1992 var negativt, og det opsparede overskud udgjorde ultimo 1992 ca. 725.000 kr.
  Landsskatteretten udtalte, at den omstændighed, at virksomhedsordningen ikke var anvendt på ejendommen i 1993, ikke kunne medføre, at også den del af virksomheden, der blev omdannet pr. 1. januar 1993 måtte anses for udtrådt af virksomhedsordningen. Reglerne om delvis virksomhedsomdannelse kunne således anvendes. Retten fandt hernæst, at hele det opsparede overskud kunne overføres til reduktion af aktiernes anskaffelsessum efter den dagældende VSL § 16 a, stk. 3, da kapitalafkastet ultimo 1992 var mindre end eller lig med det kontante vederlag for virksomheden. Da der efter virksomhedsomdannelsen dermed ikke resterede noget indestående på konto for opsparet overskud, var der intet opsparet overskud at beskatte efter VSL § 15 b, stk. 1.