Den indkomst, der beskattes under den særlige skatteordning, skal være A-indkomst for modtageren. Værdien af fri kost og logi indgår ikke i ordningen.

A-indkomst er pengebeløb i henhold til ansættelseskontrakten i form af løn, feriegodtgørelse, honorar, tantieme, provision med videre samt værdien af fri bil og fri telefon, herunder fri datakommunikationsforbindelse, samt arbejdsgiverbetalte sundhedsbehandlinger med videre.

Desuden er arbejdsgiverens betaling af medarbejderens private udgifter, som for eksempel tilskud til boligudgifter, flytteudgifter, skolepenge og telefontilskud, A-indkomst.

Løn i form af personalegoder, der stilles til rådighed af arbejdsgiveren, og som ikke er A-indkomst, skal der betales almindelig indkomstskat af.

I forhold til den særlige skatteordning har det altså betydning, om der er tale om løn i penge eller løn i form af personalegoder. Det afgørende er, hvem der har den juridiske ret til at disponere over aktivet - for eksempel en bolig. Hvis det er arbejdsgiveren, der ejer eller lejer boligen og stiller denne til rådighed for den ansatte, skal værdien af fri bolig beskattes som almindelig skattepligtig indkomst. Hvis det er den ansatte, der har købt boligen eller indgået lejekontrakten, er det beløb, som arbejdsgiveren betaler til dækning af udgifterne A-indkomst og dermed omfattet af ordningen.

Bonus, der udbetales efter udløbet af perioden med beskatning under forskerskatteordningen, er skattepligtig almindelig indkomst. Hvis medarbejderens skattepligt er ophørt samtidig med, at beskatning under ordningen er ophørt, og medarbejderen på dette tidspunkt har erhvervet ret til beløbet, kan en bonus beskattes under ordningen, selv om den udbetales senere.